Компания вправе не включать в доходы НДС выставленный по счет фактуре. Такой порядок начнет действовать с 2016 года. Согласно федеральному закону №84-ФЗ от 06.04.2015 г. Логика такая что если компания выставляет покупателю по собственной инициативе счет-фактуру с заявленным НДС, то она должно уплатить данную сумму НДС в бюджет, а также сдать декларацию НДС в срок.