Согласно письма ФНС России № БС-4-11/4958 от 23.03.2016 года компании, не выплачивающие зарплату сотрудникам, не должны подавать форму 6-НДФЛ. Дело в том, что расчет 6-НДФЛ должны сдавать только налоговые агенты согласно п.2 ст.230 НК РФ, а компании, которые заработную плату не начисляли и не выплачивали таковыми не являются.