Считать штраф от всего налога в 6 НДФЛ нельзя
Налоговики вправе требовать штраф за опоздание с НДФЛ только с суммы, которую перечислили позже срока. Так сказано в Налоговом кодексе (ст. 123 НК). Начислять штраф на весь налог, который указала компания в 6-НДФЛ, неправомерно.