Базу по дивидендам считайте отдельно от других доходов. То есть дивиденды и зарплату учитывайте обособленно.
Применяйте ставку 13% к дивидендам в пределах 5 млн руб. С суммы свыше 5 млн руб. считайте НДФЛ по ставке 15% (п. 1 ст. 224 НК).
Если зарплата и прочие трудовые доходы участника не превысили 5 млн руб. и отдельно дивиденды не превысили этот лимит, но общая сумма доходов оказалась больше, считайте НДФЛ по ставке 13% и с дивидендов, и с зарплаты.
По итогам года ИФНС сложит все доходы и доначислит со сверхлимитной суммы налог по ставке 15%. Но платить НДФЛ будет уже сам участник по уведомлению из ИФНС.
