Уведомление по НДФЛ с доходов физических лиц, которые работают в обособленных подразделениях, сдавать нужно по компании в целом. В данном случае в отношении НДФЛ, удержанного обособленным подразделением, указываем КПП и код по ОКТМО по местонахождению обособленного подразделения.
Бывает, что у компании есть несколько обособленных подразделений, и находятся они в одном округе. В таком случае отчетность сдавайте через одно из обособленных подразделений и в поле «КПП» уведомления указывайте код ответственной «обосбки», а в ОКТМО код соответствующей территории.